Gegründet wurde der WSE am 1. Mai 1967 als Motorbootsverein Elmshorn. Die damaligen Liegeplätze befanden sich zwischen dem alten Hafenamt und der Eisenbahnbrücke. Schon bald nach der Gründung gingen die Vereinsmitglieder auf die Suche nach einem geeignetem Gelände für den Bau eines Hafens. 1970 wird der WSE erstmalig ins Vereinsregister eingetragen und darf sich nun ein e.V. an seinen Namen hängen.

Nachdem ein Gelände gefunden war wurde 1975 mit dem Bau des jetzigen Hafens bekonnen. Im Laufe der folgenden Jahre wurden ein komfortables Vereinshaus, eine Bootwaschanlage, ein Docktor und eine große Bootshalle als Winterquartier geschaffen. Auch eine Schlipanlage entstand im Hafen,die das ganze Jahr über benutzt werden kann.

Die Mitgliederzahl hat sich auf beachtliche 118 Personen hochgearbeitet.

Seit Mai 2001 ist ein eigens für die Jugend geschaffener Hafen fertiggestellt worden.

Die Erfolgsgeschichte setzt sich bis zu dem heutigen Tage fort.